아버지의 유언을 지키기 위해 류 하야부사가 미국으로 떠나면서 게임 스토리가 시작됩니다. 류가 떠난 사이, 인간계와 마계 사이의 장벽이 갑자기 무너지면서 하야부사 마을에 무시무시한 군대가 들이닥칩니다. 류가 없는 마을은 전례 없는 위협에 직면하게 됩니다. 새로운 위협에 맞서기 위해 하야부사 마을의 젊은 닌자 겐지 모주가 앞으로 나섭니다! 류에게서 수련을 받은 겐지는 치열하게 싸우지만 곧 절체절명의 위기에 처합니다. 금지된 힘을 사용해야만 했던 겐지는 수 세기에 걸쳐 쌓인 적의를 뒤로하고 사악한 흑거미 일족과 동맹을 맺습니다. 마신왕의 손아귀에서 세상을 지킬 방법은 이들이 마음과 능력을 합치는 것뿐입니다! ...